使用要適量

雖然菌肥不像是未腐熟的農家糞，使用量多了容易燒根燒苗，但也不是使用的越多越好，像是盲目施用，容易增加蔬菜植株內的鹽類積累，而且肥料成本也增加了。所以不想投入成本，還不想影響作物品質，就要科學合理施用菌肥。

配合施用

在作物生長期間，需要施用作物專用的復合肥料，但是有時候土壤環(huán)境不好，肥料的利用率并不高，所以就需要結合菌肥來施用，不僅可以調節(jié)改良土壤的現有環(huán)境，還可以增強土壤中的酶活性，利于養(yǎng)分的轉化。

微生物菌肥多少錢一袋，不能只看一方面來定，像是菌肥的原料，生產工藝，以及包裝等方面，以及有些廠家將大量廣告費的投入都算入到菌肥的成本之中，在經過物流轉運，菌肥的價格自然就高了起來。